Ich habe zwei Auffälligkeiten nach dem Update des Frameworks auf 3.1.12 festgestellt. Ein davon kann ich bisher nicht lösen und bitte um eine Idee, was der Fehler sein könnte.
Vorab:
1. Plugin auf Safe Mode
2. Update auf 3.1.12, Templates in der aktuellsten Version.
3. Caches nach dem Update gelöscht.

Auf zwei Webseiten war der Hintergrund des Headers/Main Menüs nicht mehr korrekt eingefärbt. In beiden Fällen ist die Header-Hintergrundfarbe korrekt gesetzt gewesen, wurde aber nicht mehr genutzt. Erfolgreicher Workaround in beiden Fällen: Im Layout in der Header-Section die Hintergrundfarbe nutzen. Dieser Eintrag färbt dann den Header korrekt ein: www.lggoettingen.de wieder in gelb, www.goettinger-altstadtlauf.de wieder in schwarz. So weit, so gut.

Das verbleibende Problem bezieht sich nun auf www.goettinger-altstadtlauf.de (Template tp_gym). Dort sollte der aktive Menüeintrag im Main Menu blau hinterlegt sein. Dies ist nach dem Update nicht mehr der Fall. Die  Farbe ist korrekt gesetzt, die Einstellung wird aber von einem Eintrag "transparent" im css überschrieben, dessen Ursprung ich nirgendwo in den Farbeinstellungen irgendeines Menüs finde. Zur Veranschaulichung zwei Fotos im Anhang. Zum Vergleich gleiche Stelle und "Logik" auf www.lggoettingen.de (template tp_sport) - dort stimmt der Hintergrundeintrag und ein aktiver Menüpunkt wird farbig hinterlegt. Was übersehe ich?

Die Standardposition für den header hat sich wohl geändert von header auf astroid-header.
Versuchen Sie folgendes:

1.Template-Optionen /Layout /Section Header Mosulpoisition öffnen und dann bei Position statt header "astroid-header" auswählen.
2.Danach gehen Sie in den Template-Optionen zu Header und wählen auch dort bei Position noch "astroid-header" statt header aus.

Bild zu 1.:

 


Bild zu 2.:
 

Danach versuchen Sie die Farben erneut zu ändern.

Leider keine Veränderung -  weiterhin keine Reaktion auf die eigentliche Angabe im CSS, es bleibt bei diesem Überschreiben durch "transparent", vermeintlich ohne Ursprung.
 

Das ist die Backround Farbe für den Navigationslink im Menü.
Sie müssen diese Farbe doch ändern können und dann natürlich Astroid und Joomla Cache löschen.

Alternativ auch mit CSS möglich:
Farbcode dann nach belieben anpassen (#......)

 

Wir sprechen offenbar aneinander vorbei. Ich versuche noch einmal, für Klarheit zu sorgen:
Ich hatte zwei Probleme geschildet. Erstens den Farbhintergrund des gesamten Headers. Dazu hatte ich geschrieben, dass sich dies beheben ließ, in dem ich im Layout dem gesamten Header-Bereich eingefärbt habe.
Das andere geschilderte Problem bezieht sich ja genau auf die Hintergrundfarbe der Buttons, sobald sie aktiv ausgewählt sind. Diese ist korrekt eingestellt, siehe im Screenshot der untere rot untertrichene Bereich. Der Farbwert wird aber nicht genutzt, sondern von der oberen Klasse als "transparent" überschrieben.
Die Vorgabe stammt aus einem Eintrag im css

Was ist denn dieses Sidebat Menu Design und wieso überschreibt es den Farbwert, der für das Hauptmenü für aktive Schaltflächen vorgegeben wird?

Das wissen wir auch nicht, da wir Ihre individuellen Einstellungen und ggfls. CSS Anpassungen nicht kennen.
Die Lösung per CSS hatte ich Ihnen ja geliefert und das funktioniert auch.